定都天京，洪秀全在此兴建了规模宏大的太平天国天朝殿（天王府）清军攻破南京后，焚毁殿建筑，于同治九年（1870）重建了两江总督署。林则徐、曾国藩、李鸿章、刘坤一、沈葆桢、左宗棠、张之洞、端方等均任过两江总督。1911年10月辛亥革命爆发后，1912年1月1日，孙中山在此处宣誓就任中华民国临时大总统，并组建了中国历史上第一个共和制的国家政权──中华民国临时政府。1912年4月，临时政府结束，在这里成立了以黄兴为留守的南京留守府；1913年“二次革命”中，又成为讨袁军总司令部，黄兴、何海鸣先后任司令。1913年至1927年，这里先后成为江苏都督府、江苏督军署、江苏将军府、江苏督办公署、副总统府、宣抚使署、五省联军总司令部、直鲁联军联合办事处等机构。军政主官有程德全、张勋、李纯、齐燮元、卢永祥、冯国璋、孙传芳、杨宇霆、张宗昌等人。1927年4月南京国民政府成立后不久，即于9月移驻这里办公。1928年10月，国民政府实行“五院制”辟国民政府东院（东花园）为行政院办公处，国府西院（西花园）为国民政府参谋本部和主计处。至1937年11月，谭延闿、蒋介石、林森先后任国民政府主席；谭延闿、宋子文、
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